Saat pendirian sekolah ini, B.J. Habibie menjabat sebagai Kepala BPPT, sekaligus Menteri Riset dan Teknologi.

Sehingga tak salah kiranya bahwa lokasi didirikannya MAN Insan Cendekia berdekatan dengan Pusat Penelitian Ilmu Pengetahun dan Teknologi (Puspiptek) yang berlokasi di Tangerang Selatan.

SMU Insan Cendekia di Serpong mulai beroperasi pada tahun 1996. Satu tahun kemudian MAN Insan Cendekia di Gorontalo beroperasi.

Penerimaan siswa MAN IC diprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya.

Akan tetapi, mulai tahun pelajaran kedua (1997/1998) SMU Insan Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.

BACA JUGA:Tegas, Kepala SMAN 3 Palembang Pastikan Tak Ada Pungli Penerimaan Siswa Baru

Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI.

Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama.

Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi MAN IC tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini.

Lalu, jumlah MAN IC terus bertambah. Termasuk berdirilah MAN IC di Kabupaten OKI, Provinsi Sumsel yang kini dipimpin Hj Komariah Hawa.

BACA JUGA:Kunjungi SMAN 3 Unggulan Kayuagung, Ishak Mekki Bernostalgia 

MAN IC adalah model satuan pendidikan jenjang menengah yang memadukan Pendidikan Agama Islam (PAI) dengan pengayaan pada bidang ilmu pengetahuan dan teknologi sebagai ciri khas utamanya.

Keunggulan MAN IC dibanding madrasah lainnya adalah

1.Pengembangan kurikulum dan pembelajaran mengacu pada standar mutu di atas standar nasional pendidikan dan berbasi keunggulan lokal.

2.Dikelola berbasis Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), dengan dukungan pendidik dan tenaga kependidikannya memenuhi kualifikasi yang disyaratkan.