Setelah menang di Paris pada tahun 1938 dan menempati posisi kedua dalam turnamen yang sedikit lebih kuat di Margate pada tahun 1939, Capablanca bermain untuk Kuba di Olimpiade Catur ke-8 , di Buenos Aires, dan memenangkan medali emas untuk penampilan terbaik di papan atas . Sementara Capablanca dan Alekhine sama-sama mewakili negara mereka di Buenos Aires, Capablanca melakukan upaya terakhir untuk mengatur pertandingan Kejuaraan Dunia. Alekhine menolak, dengan mengatakan bahwa dia diwajibkan untuk siap membela tanah air angkatnya, Prancis, ketika Perang Dunia II baru saja pecah.
Capablanca mengumumkan sebelumnya bahwa dia tidak akan memainkan Alekhine jika tim mereka bertemu
Tidak lama sebelum kematiannya, hipertensi keluarganya telah melonjak hingga mencapai angka berbahaya 200–240/160+. Sehari sebelum stroke fatalnya , spesialis vaskularnya Dr. Schwarzer dengan tegas menasihatinya bahwa nyawanya dalam bahaya kecuali dia benar-benar rileks, tetapi Capablanca mengatakan bahwa dia tidak bisa melakukannya karena mantan istri dan anak-anaknya telah memulai proses pengadilan terhadapnya. Dokter menyalahkan kematiannya karena "masalah dan kejengkelannya".
Pada tanggal 7 Maret 1942, Capablanca sedang mengamati permainan skittles dan mengobrol dengan teman-temannya di Klub Catur Manhattan di New York City, ketika dia meminta bantuan untuk melepas mantelnya, dan tak lama kemudian pingsan.
Dokter terkemuka Eli Moschcowitz memberikan pertolongan pertama dan kemudian mengatur ambulans. Dia dibawa ke Rumah Sakit Mount Sinai , di mana dia meninggal pada pukul 6 pagi keesokan harinya. Emanuel Lasker meninggal di rumah sakit yang sama setahun sebelumnya. Penyebab kematian diberikan sebagai " perdarahan otak yang dipicu oleh hipertensi ", khususnya perdarahan thalamus hipertensi.
Laporan otopsi lengkap, oleh Moschcowitz, Prill, dan Levin, menunjukkan bahwa thalamus kanan hampir hancur total, dan sebagai gantinya terdapat hematoma dengan lebar 2 inci dan tinggi 2 inci. Seluruh sistem ventrikel dan sisterna magna dibanjiri darah.
Gyri menjadi rata dan sulkus menyempit, konsisten dengan hipertensi ekstrem selama bertahun-tahun. Jantungnya membesar, 575 g dibandingkan normalnya 300–350 g, termasuk hipertrofi dinding ventrikel kiri sebesar 3 cm. Di dinding ini terdapat sejumlah perdarahan subendiokardial, yang kemudian terbukti umum terjadi pada pasien dengan hipertensi intrakranial berat.
Hal ini menyebabkan pelepasan sejumlah besar zat vasoaktif ke dalam aliran darah, termasuk asetilkolin dan noradrenalin yang menyebabkan perdarahan tersebut. Capablanca diberi pemakaman umum di Pemakaman Colón Havana pada tanggal 15 Maret 1942.
Alekhine menulis sebagai penghormatan kepada Capablanca: "Capablanca terlalu cepat diambil dari dunia catur.
Dengan kematiannya, kita telah kehilangan seorang jenius catur yang sangat hebat yang tidak akan pernah kita lihat lagi." Lasker pernah berkata: "Saya kenal banyak pecatur, tapi hanya satu jenius catur: Capablanca." Turnamen Peringatan Capablanca tahunan telah diadakan di Kuba, paling sering di Havana, sejak tahun 1962.
Saat Dewasa, apablanca hanya kalah dalam 34 pertandingan profesional.Ia tidak terkalahkan sejak 10 Februari 1916, saat kalah dari Oscar Chajes di turnamen New York 1916, hingga 21 Maret 1924, saat ia kalah dari Richard Réti di turnamen Internasional New York.
Selama rekor ini, termasuk pertandingan Kejuaraan Dunia 1921 melawan Lasker, Capablanca memainkan 63 pertandingan, menang 40 kali dan seri 23 kali. Faktanya, hanya Marshall, Lasker, Alekhine dan Rudolf Spielmann yang memenangkan dua atau lebih pertandingan serius dari Capablanca yang matang, meskipun dalam setiap kasus, skor keseluruhan seumur hidup mereka minus (Capablanca mengalahkan Marshall +20−2=28, Lasker +6−2=16, Alekhine +9−7=33), kecuali Spielmann yang berada di level ( +2−2=8). [
Dari pemain top, hanya Keres yang memiliki skor plus tipis melawannya (+1−0=5). [96] Kemenangan Keres terjadi di turnamen catur AVRO 1938 , di mana turnamen Capablanca berusia 50 tahun, sedangkan Keres berusia 22 tahun.
Sistem peringkat statistik menempatkan Capablanca di antara pemain terhebat sepanjang masa. Buku Nathan Divinsky dan Raymond Keene Warriors of the Mind (1989) menempatkannya di peringkat kelima, di belakang Garry Kasparov , Anatoly Karpov , Bobby Fischer dan Mikhail Botvinnik —dan tepat di depan Emanuel Lasker .
Dalam bukunya tahun 1978, The Rating of Chessplayers, Past and Present , Arpad Elo memberikan penilaian retrospektif kepada pemain berdasarkan kinerja mereka selama rentang lima tahun terbaik dalam karir mereka. Dia menyimpulkan bahwa Capablanca adalah yang terkuat di antara yang disurvei, dengan Lasker dan Botvinnik berbagi tempat kedua.
Chessmetrics (2005) agak sensitif terhadap lamanya periode yang dibandingkan, dan menempatkan Capablanca di antara yang terkuat ketiga dan keempat sepanjang masa untuk periode puncak yang berkisar antara satu hingga 15 tahun. Penulisnya, ahli statistik Jeff Sonas , menyimpulkan bahwa Capablanca memiliki tahun lebih banyak di tiga posisi teratas dibandingkan siapa pun kecuali Lasker, Karpov, dan Kasparov—meskipun Alekhine memiliki lebih banyak tahun di dua posisi teratas.