Bahkan di tahun 2004, Fischer ditahan di Bandara Narita di Tokyo karena bepergian dengan Paspor AS yang tidak valid.
Melawan deportasi, Fischer membuang kewarganegaraannya di AS dan mendapatkan kewarganegaraan Islandia.
Sisa hidup Fischer dihabiskan sebagai pertapa di Islandia, lalu tahun 2008 kabar soal kematiannya berhembus dari kota Reykjavik, Islandia dan Fischer akhirnya tutup usia pada 64 tahun.
Konfirmasi kematian Fischer disampaikan Gardar Sverrisson, teman dekatnya. Disebut, meninggal karena gagal ginjal.
Dalam laporannya, New York mengatakan Fischer sakit di rumah selama beberapa waktu sebelum dirawat di rumah sakit.
Tak banyak yang dapat di dapat tentang kehidupan pribadi sang legenda, kecuali soal dia diduga menikah dengan seorang wanita Jepang bernama Miyoko Watai.
Fishcer dimakamkan di pemakaman Kristen kecil di gereja Laugardælir, di luar kota Selfoss.
Mayoritas penggemar catur memberikan pengakuan kepadanya sebagai pecatur terhebat yang pernah hidup. Grandmaster catur dan master internasional mengklaimnya sebagai pemain legendaris yang pernah disaksikan ada dalam turnamen.