Setelah duet ini mengakhiri kerja samanya, karena Jane kemudian menikah dan hendak memusatkan diri pada keluarga, Franky lebih banyak bersolo karier. Duet mereka terakhir menyanyi bersama pada tahun 1992.
Tahun 2006, Franky diangkat menjadi duta buruh migran Indonesia bersama Nini Carlina oleh Organisasi Perburuhan Internasional (ILO) dan Serikat Buruh Migran Indonesia (SBMI).
Lirik lagu karya Franky pada masa Franky & Jane cenderung pada pemujaan alam pada awalnya, misalnya pada lagu Musim Bunga dan Kepada Angin dan Burung Burung. Namun, seperti kebanyakan penulis lagu balada lain, Franky gemar pula "bercerita" mengenai kehidupan orang sehari-hari, seperti Perjalanan atau Bis Kota. Franky pernah menulis dan menyanyikan lagu-lagu soundtrack untuk film Ali Topan.
Sejak dasawarsa 1990-an hingga dua tahun menjelang meninggalnya, Franky banyak terlibat dalam aksi-aksi panggung bertema sosial dan nasionalisme.
Ia aktif terlibat dalam masa peralihan politik dari Orde Baru menuju Reformasi, penentangan RUU APP, serta gerakan anti globalisasi.
Franky Sahilatua meninggal dunia pada 20 April 2011 di RS Medika Permata Hijau, Jakarta pada pukul 15.15 WIB akibat kanker tulang belakang yang dideritanya selama 2 tahun yang lalu di Singapura.
Franky sudah menghasilkan karya lagu bersama sejumlah nama musisi legend tanah air.
Lagu "Terminal" (1993) bersama Iwan Fals, "Di Bawah Tiang Bendera" diciptakan Franky dan Iwan Fals pada tahun 1996, dengan latar belakang peristiwa 27 Juli.
Lagu "Kemesraan" yang dipopulerkan oleh Iwan Fals merupakan karangan Franky bersama adiknya, Johnny.
BACA JUGA:Lagu Dukungan untuk Perjuangan Rakyat Palestina, Suara Solidaritas dan Harapan
BACA JUGA:Nostalgia dengan Lagu Kenangan Tahun 1980: Hits Barat dan Indonesia, Mana Favoritmu?
Dayung Perahu Dayung (dinyanyikan oleh Franky S. dan Lucy tahun 1988)
Telaga Biru (dinyanyikan Lusira Caroline) cipt. Franky dan Johnny Sahilatua
Kembali Ke Pancasila
Pancasila Rumah Kita
Jangan Pilih Mereka (lagu yang sering diputar saat pemilu)