Pada 1997 Karpov sangat membatasi turnamen catur klasiknya, dia lebih memilih untuk lebih terlibat dalam politik Rusia. Dia pernah menjadi anggota Komisi Tertinggi Urusan Luar Negeri Soviet dan presiden Dana Perdamaian Soviet sebelum Uni Soviet bubar.
Selain itu, ia pernah terlibat beberapa perselisihan dengan FIDE. Dalam daftar peringkat FIDE September 2009, ia keluar dari 100 Teratas dunia untuk pertama kalinya.
Karpov biasanya membatasi permainannya pada acara eksibisi, dan mengubah gayanya untuk berspesialisasi dalam catur cepat. Pada tahun 2002, ia memenangkan pertandingan melawan Kasparov, mengalahkannya dalam pertandingan kontrol waktu cepat 2½–1½.
Pada tahun 2006, ia menempati posisi pertama dengan Kasparov dalam turnamen kilat, di depan Korchnoi dan Judit Polgár.
Karpov dan Kasparov memainkan pertandingan 12 pertandingan campuran dari 21-24 September 2009, di Valencia , Spanyol. Ini terdiri dari empat permainan cepat (atau semi-cepat) dan delapan permainan blitz dan terjadi tepat 25 tahun setelah pertemuan legendaris kedua pemain di Kejuaraan Catur Dunia 1984 . Kasparov memenangkan pertandingan 9–3.
Karpov memainkan pertandingan melawan Yasser Seirawan pada tahun 2012 di St. Louis, Missouri, pusat penting dunia catur Amerika Utara, menang 8–6 (+5−3=6).
Pada November 2012, ia memenangkan turnamen cepat Cap d'Agde yang menyandang namanya (Piala Anatoly Karpov), mengalahkan Vasyl Ivanchuk (peringkat 9 peringkat dunia FIDE Oktober 2012) di final.
Pada tahun 2003, Karpov membuka sekolah catur Amerika pertamanya di Lindsborg, Kansas . Pada tanggal 2 Maret 2022, sekolah tersebut mengumumkan perubahan nama menjadi Institut Catur Internasional Midwest karena invasi Rusia ke Ukraina .
Karpov pernah menjadi anggota Dumas Negara Rusia keenam , ketujuh dan kedelapan . Sejak 2005, ia menjadi anggota Kamar Umum Rusia . Ia telah terlibat dalam beberapa kegiatan kemanusiaan, seperti menganjurkan penggunaan garam beryodium .
Pada 17 Desember 2012, Karpov mendukung undang-undang di Parlemen Rusia yang melarang adopsi anak yatim piatu Rusia oleh warga negara AS.
Karpov menyatakan dukungannya terhadap aneksasi Krimea oleh Federasi Rusia , dan menuduh Eropa mencoba menjelekkan Putin.
Pada bulan Agustus 2019, Maxim Dlugy mengatakan bahwa Karpov telah menunggu persetujuan visa non-imigran ke Amerika Serikat sejak bulan Maret, meskipun sudah sering mengunjungi negara tersebut sejak tahun 1972. Karpov dijadwalkan untuk mengajar perkemahan musim panas di Akademi Catur Max. Dlugy mengatakan Karpov telah ditanyai di kedutaan AS di Moskow mengenai apakah ia berencana berkomunikasi dengan politisi Amerika.
Karpov adalah salah satu anggota Duma Negara Rusia yang terkena sanksi oleh UE dan Inggris selama Perang Rusia-Ukraina . Pada bulan Maret 2022, setelah dimulainya invasi Rusia ke Ukraina , Dewan FIDE menangguhkan gelar Duta Besar FIDE untuk Kehidupan Karpov.
Pada November 2022, Karpov mengalami koma setelah mengalami cedera kepala. Putri Karpov, Sofia, dan Federasi Catur Rusia mengatakan bahwa dia tidak sengaja terjatuh. Karpov pulih sepenuhnya dari cederanya.
Pada bulan Maret 2010, Karpov mengumumkan bahwa dia akan menjadi calon presiden FIDE. Pemilihan berlangsung pada bulan September 2010 di Olimpiade Catur ke-39 .
Pada bulan Mei, acara penggalangan dana diadakan di New York dengan partisipasi Kasparov dan Magnus Carlsen, yang mendukung pencalonannya dan berkampanye untuknya.